Die Wurzeln des Malinois liegen in Belgien in der Region Noord Braband. Belgische Schäferhunde dienten schon im 18. Jahrhundert als Hüte- und Wachhunde und sogar als Zughunde wurden sie verwendet. Allerdings hatten sie noch keinen einheitlichen Rassestandard und waren daher vielseitig einsetzbar. Was zählte, war ihre Gebrauchsfähigkeit und danach wurden sie gezüchtet. Erst mit der Abtrennung der Niederlande von Belgien entwickelten sich langsam eigene Rassen mit spezifischem Rassestandard. Professor A. Reul begann ab 1891 mit der Herauszüchtung von einem einheitlichen Aussehen für die verschiedenen Grundtypen der einzelnen Regionen. Der Erfolg stellte sich so schnell ein, dass bereits 1892 ein Standard für die verschiedenen Felltypen existierte, durch den sich die heutigen vier verschiedenen Belgischen Schäferhunde hauptsächlich unterscheiden. Die Malinois unterscheiden sich bereits seit 1910 nicht mehr groß von denen, die wir heute kennen.
Da der typische Belgische Schäferhund üblicherweise langhaarig war, fiel der kurzhaarige Schäferhund, welcher 1899 bei der Stadt Malines auftrat, die ihm auch dem Namen gab, auf. Bereits 1901 wurden alle vier Varianten des Belgischen Schäferhundes, darunter auch der Malinois, offiziell anerkannt.
Die weitere Geschichte der Hunderasse Malinois ist eng mit dem Namen Louis Huyghebaert verbunden. Er war ein belgischer Hundeliebhaber, der von 1868 bis 1952 lebte und Ehrenmitglied der Saint Hubertus Gesellschaft war, einem Schützenverein. Er kann sozusagen als Gründervater des Malinois bezeichnet werden. Seine ganze Leidenschaft galt Fährten und Unterordnung. Ebenso gefiel ihm das rotbraun gestromte Fell der Malinois. Da die Malinois zudem als schlanke, agile, extrem gehorsame Arbeitshunde, welche man sogar bei Wasser- und Dienstarbeiten einsetzen konnte, schon bald alle anderen Varianten des Belgisches Schäferhundes übertrafen, lag es nicht fern, dass Louis Huyghebaert sich überwiegend den Malinois und ihrer Zucht widmete und so wesentlich zu ihrer Bekanntheit beitrug.
